La principal peculiaridad de Puentedey es su situación, ya que está emplazado sobre un arco natural de roca, un peñasco que da lugar a uno de los puentes naturales más curiosos de España (parte del pueblo está construido sobre el puente, incluyendo su iglesia románica).
El gran puente natural sobre el Nela es una de las imágenes más conocidas de la provincia burgalesa. En el norte de la Provincia, en la Merindad de Valdeporres. El enorme arco natural de piedra formado por el río Nela fue atribuido por los antiguos pobladores a una obra divina, el «puente de Dios» que derivó al topónimo Puentedey.
También, y como curiosidad, la zona de Puentedey, Villarcayo y Briviesca es un famoso punto de avistamiento ovni debido a numerosos testimonios de reconocimiento de estos extraños objetos hace unos años.